秦淮河古称淮水，本名“龙藏浦”，全长约110公里，流域面积2600多平方公里，其中流经南京城内的一段被称为“十里秦淮”，被视为“南京的母亲河”。相传楚威王东巡时，望金陵上空紫气升腾，以为王气，于是“凿方山，断长垅为渎，入于江”。后人误传此水是秦始皇东巡时所开，故称之谓“秦淮”。

    秦淮河有南北两源，北源句容河发源于句容市宝华山南麓，南源溧水河发源于南京市溧水区东庐山，两河在南京市江宁区方山埭西北村汇合成秦淮河干流，绕方山向西北至上坊门进入南京市区。秦淮河在南京城东南通济门外九龙桥处分为内、外两支：内秦淮为正流，过九龙桥向西，由东水关进入南京城，向西至淮清桥与青溪会合，再向西南在镇淮桥转向西北，至陡门桥与运渎水会合，向西经过夫子庙，从西水关出城；外秦淮在南京城南外绕行，是五代十国开凿的护城河，过九龙桥向南转折向西，经长干桥后汇合落马涧，向西至赛虹桥、觅渡桥在西水关外与内秦淮合流。合流后经草场门、定淮门、石头城，经三汊河汇入长江。

    1983年经地质勘探，在南京市区地表下30-50米处发现了秦淮河古河道。河道自东南向西北纵贯市区，最宽处位于中央路、模范马路一带，宽约1400米；最窄位于北极阁、九华山地段，宽约300-400米，呈藕节状。秦淮河古河道的发现有力地印证了历史典籍中关于秦淮河的相关记载。